أنشأ قسم العقاقير الطبية مع تأسيس الكلية في عام 1994م وكان مدمج مع قسم الكيمياء في قسم واحد يسمي قسم الكيمياء والعقاقير الطبية برئاسة بروفيسور الهادي محمد محمد أحمد ثم اصبح قسما منفصلا في عام 2011م برئاسة د/ نزار سراج.
رؤساء قسم العقاقير الطبية:
ب/ الهادي محمد محمد أحمد..............................1994-2011م
د/ نزار سراج..............................................2011-2015 م
أ/عبدالقادر الأمين .......................................2015- الي الان.