أنشي قسم الكيمياء الصيدلانية والعقاقير الطبية مع تأسيس الكلية عام 1994م كقسم مشترك وفي نوفمبر
2011م ثم فصله إلي قسم للكيمياء الصيدلانية وقسم للعقاقير الطبية- وكان يرأس القسم حتى 2011م البروفسير/ الهادي محمد أحمد عميد الكلية.
وبعد 2011م أصبح يرأس القسم د.تهاني الفكي عباس- أستاذ مساعد.
قسم الكيمياء الصيدلانية يجمع بين الكيمياء العامة، الكيمياء العضوية، الكيمياء الإحيائية، الكيمياء التحليلية والكيمياء الطبية.
والكيمياء الصيدلانية دعامة أساسية في التعليم الصيدلي.