أنشي قسم الكيمياء الصيدلانية والعقاقير الطبية مع تأسيس الكلية عام 1994م كقسم مشترك وفي نوفمبر 2011م ثم فصله إلي قسم للكيمياء الصيدلانية وقسم للعقاقير الطبية- وكان يرأس القسم حتى 2011م البروفسير/ الهادي محمد محمد أحمد علي عميد الكلية. ترأست القسم د.تهاني الفكي عباس في 2012
قسم الكيمياء الصيدلانية يضم الكيمياء العامة، الكيمياء العضوية، الكيمياء الإحيائية، الكيمياء التحليلية والكيمياء الطبية.